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Con la finalidad de conocer la variacion del maiz (Zea mays L.) de la region del Istmo de Tehuantepec, considerada el area de distribucion de la raza Zapalote Chico, se colectaron 120 poblaciones nativas, mas 12 poblaciones tipicas de otras razas descritas. Las 132 poblaciones se evaluaron en tres localidades, caracterizandolas con 18 variables cuantitativas, principalmente sobre estructuras reproductivas. Con el auxilio de un analisis de componentes principales se observaron seis grupos, tres de ellos integraron poblaciones conocidas regionalmente como Maiz Chico, correspondientes a la raza Zapalote Chico con valores menores en variables de naturaleza reproductiva, vegetativa y fenologica; los otros tres grupos agregaron poblaciones denominadas regionalmente como Maiz Grande, con valores altos de las mismas variables, y corresponden a una amplia base de la raza Zapalote Chico, con introgresion de las razas Vandeno, Tepecintle y Tuxpeno. La variacion genetica del maiz se relaciona con la variacion ambiental determinada por la altitud, humedad relativa y con la disponibilidad de humedad en el suelo, senalando a la planicie costera del Istmo Oaxaqueno como el area de distribucion natural de la raza Zapalote Chico. Se obtuvo un dendrograma usando distancias euclidianas con el metodo de agrupamiento de vecinos, que revela que los grupos de Maiz Grande evolucionaron hacia poblaciones tardias, y los de Maiz Chico hacia poblaciones precoces y tardias. Se concluye que en la region existe variacion genetica a nivel de raza y entre poblaciones de la raza Zapalote Chico.