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La investigación analiza la tensión entre la prohibición general de extracción de vida silvestre establecida en el Código Orgánico del Ambiente y las excepciones de aprovechamiento tradicional y de subsistencia, a la luz del principio in dubio pro natura y del paradigma constitucional de derechos de la naturaleza. Con un enfoque cualitativo, de carácter descriptivo y jurídico-documental, se construyó una matriz jurisprudencial que sistematiza precedentes de la Corte Constitucional del Ecuador y de la Corte Interamericana de Derechos Humanos sobre manglares, bosques protectores, territorios indígenas, fauna silvestre y zonas marino-costeras. El análisis permitió identificar estándares convergentes: la naturaleza es sujeto de derechos, las actividades extractivas intensivas se someten a un escrutinio estricto y, en contextos de incertidumbre científica o normativa, las dudas deben resolverse en el sentido más favorable a la protección de los ecosistemas. Al mismo tiempo, los fallos muestran que la protección ambiental no es ajena a los derechos colectivos ni al mínimo vital de subsistencia, sino que se entrelaza con la consulta previa, la participación efectiva y el reconocimiento del conocimiento ancestral como fuente válida de gestión territorial. Se concluye que el principio in dubio pro natura no es incompatible con la licencia ambiental para usos tradicionales, siempre que las cuotas, límites y condiciones de aprovechamiento se definan con base en evidencia científica, criterios interculturales y metodologías transparentes que permitan distinguir entre prácticas de subsistencia y explotación empresarial encubierta, reduciendo la discrecionalidad administrativa y fortaleciendo una gobernanza ecológica justa.