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Abstract: This article presents a genealogical and hermeneutical analysis distinguishing the concepts of sovereignty and autonomy within constitutional and public law, with a focused application to autonomous public universities. It argues that the prevalent conceptual conflation is not merely terminological but arises from a neglected theological-political stratum underpinning modern juridical thought. The methodology employs a tripartite hermeneutic: (1) a theological-political genealogy tracing the medieval dialectic between plenitudo potestatis and the libertas ecclesiae or temporal imperium, which prefigures the modern autonomy/sovereignty dyad; (2) a constitutional exegesis of foundational texts (Mexican, Spanish, and German frameworks) to delineate the positive legal contours of each concept; and (3) a teleological-axiological critique assessing the practical consequences of their misuse for institutional legitimacy and democratic order. The study concludes that sovereignty constitutes an original, indivisible, and supreme attribute of the polity (nation-state), representing the ultimate Grundnorm. In stark contrast, autonomy is a derived, functional, and limited competence granted by the sovereign order to specific juridical persons (e.g., universities, central banks) to fulfill a subsidiary common good—most notably, the preservation of libertas academica. Mischaracterizing autonomy as sovereignty induces a pathological juridical consciousness, fostering institutional overreach, destabilizing the unitary legal system, and ultimately corroding the very subsidiarity it aims to protect. Resumen: Este artículo presenta un análisis genealógico y hermenéutico que distingue los conceptos de soberanía y autonomía en el derecho constitucional y público, con aplicación específica en las universidades públicas autónomas. Se sostiene que la prevalente confusión conceptual no es meramente terminológica, sino que surge de un estrato teológico-político desatendido que subyace al pensamiento jurídico moderno. La metodología emplea una hermenéutica tripartita: (1) una genealogía teológico-política que rastrea la dialéctica medieval entre la plenitudo potestatis y la libertas ecclesiae o el imperium temporal, prefigurando la díada moderna autonomía/soberanía; (2) una exégesis constitucional de textos fundamentales (marcos mexicano, español y alemán) para delinear los contornos legales positivos de cada concepto; y (3) una crítica teleológico-axiológica que evalúa las consecuencias prácticas de su uso incorrecto para la legitimidad institucional y el orden democrático. El estudio concluye que la soberanía constituye un atributo originario, indivisible y supremo de la polity (Estado-nación), representando la Grundnorm última. En contraste marcado, la autonomía es una competencia derivada, funcional y limitada, otorgada por el orden soberano a personas jurídicas específicas (e.g., universidades, bancos centrales) para cumplir un bien común subsidiario—notablemente, la preservación de la libertas academica. Keywords: Sovereignty, Autonomy, Constitutional Hermeneutics, Political Theology, University Governance, Comparative Public Law, Plenitudo Potestatis, Legal Genealogy.