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Le rôle du microbiote et en particulier du microbiote intestinal sur les performances de l’hôte est de plus en plus documenté chez les animaux d’élevage. Ces avancées ont été permises par l’utilisation des nouvelles techniques de séquençage à haut débit et le développement de méthodes d’analyse des données pour caractériser les microorganismes présents (diversité, abondances relatives, assemblage en écosystèmes). Elles ont apporté de nouvelles connaissances sur les liens entre la diversité génétique de l’hôte et les interactions hôte-microbiote, mais aussi sur l’estimation des phénotypes ou des valeurs génétiques en prenant en compte la variabilité du microbiote. Ces résultats alimentent un nouveau paradigme fondé sur la définition de l’holobionte en tant que système biologique qui assemble un hôte et son microbiote, offrant une nouvelle vision de ce que représente un individu. Nous proposons de faire le point sur l’holobionte porc, en termes de modélisation et de résultats expérimentaux pour comprendre, prédire et piloter les phénotypes dans le but d’améliorer par exemple la santé mais aussi l’efficience productive et environnementale des animaux. Ces avancées sont également discutées comme ouvrant la voie pour élaborer des stratégies de sélection prenant simultanément en compte les informations sur l’hôte et son microbiote en raisonnant l’amélioration durable des populations à l’échelle non plus de l’individu mais de l’holobionte.