El avance de la neurotecnología y su incorporación creciente en la educación digital plantean desafíos jurídicos y éticos que requieren marcos normativos capaces de proteger la privacidad mental y la libertad cognitiva de los estudiantes. Este estudio analiza el reconocimiento constitucional de los neuroderechos en el Ecuador, su articulación con la Ley Orgánica de Educación Intercultural (2024) y la Ley Orgánica de Protección de Datos Personales (2021), y examina los vacíos que persisten frente al uso emergente de tecnologías neurocognitivas en entornos escolares. Mediante un enfoque cualitativo, jurídico-documental y comparativo, se contrastan las disposiciones ecuatorianas con los avances de Chile —pionero en constitucionalizar los neuroderechos mediante la Ley 21.383 (2021)— y con el marco regulatorio de la Unión Europea en protección de datos y gobernanza algorítmica. Los resultados evidencian la ausencia de una regulación educativa específica en el Proyecto de Ley Orgánica de Neuroprotección (2024) y la necesidad de incorporar principios de neuroseguridad educativa, conforme a las recomendaciones del informe A/HRC/58/58 (2025) de Naciones Unidas. Se concluye que Ecuador debe adoptar un modelo de protección que garantice ambientes de aprendizaje éticos, inclusivos y cognitivamente seguros, evitando riesgos derivados de tecnologías capaces de inferir, registrar o modular la actividad mental del estudiantado.