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La coccidiose est une maladie parasitaire intestinale due à des protozoaires du genre Eimeria qui colonisent différentes parties du tube digestif. Cette parasitose, fréquente en élevage caprin, est à l’origine de retards de croissance, de diarrhée, voire de mortalité. Elle a donc un impact majeur sur la santé et le bien-être des chevrettes et sur les performances économiques des élevages (baisse de production laitière/productivité). Dans cette étude, nous avons suivi l’infection d’un lot de chevrettes par les coccidies dans 4 élevages caprins laitiers (n = 79 chevrettes), de façon hebdomadaire pendant six semaines aux alentours du sevrage. L’objectif était de décrire la dynamique de l’infection de chevrettes en conditions d’élevage. Des analyses coprologiques de vingt fèces de chevrettes et de deux échantillons de litière souillée ont été utilisées pour ce suivi. Nos résultats ont montré que la coccidiose suivait une dynamique complexe. Une grande variabilité inter-individuelle de niveau d’excrétion ainsi qu’une abondance des espèces pathogènes de coccidies ont été constatées. Les intensités d’excrétion des oocystes et les proportions d’espèces pathogènes étaient fortement corrélées entre les deux méthodes d’échantillonnage. L’analyse des litières souillées permet donc de suivre les infections des chevrettes par la coccidiose, avec une bonne évaluation de l’infection globale d’un lot d’animaux dans un parc. Le prélèvement de litière souillée présente, en plus, l’avantage d’être facilement réalisable par les éleveurs et les praticiens vétérinaires sans nécessité de contention.