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El propósito de la presente investigación radica en realizar el diagnóstico de las competencias en ciencias naturales de los estudiantes de dos instituciones públicas ubicadas en la ciudad de Manizales, Caldas- Colombia. El estudio se desarrolla bajo la comprensión holística de la ciencia como una investigación descriptiva con un diseño de campo, transeccional contemporáneo, univariable o unieventual. La población objeto de estudio son 80 estudiantes de grado séptimo de dos instituciones públicas en la ciudad de Manizales, pertenecientes a los estratos 1, 2 y 3 con contextos socioculturales muy similares. La técnica de recolección de los datos es la encuesta con una guía de conocimiento que abarcó diferentes sinergias de las competencias cognitivas, procedimentales y actitudinales. En lo que respecta a la validez de la investigación, es evaluada por tres expertos en el campo y se obtuvo un índice de 0,975, mientras que la confiabilidad se calcula con el Alfa de Cronbach, con un valor de 0,793, lo que indica un alto grado de confiabilidad. En el análisis de resultados se usa la estadística descriptiva; ésta abarca la medición de la frecuencia absoluta y porcentual de los datos. Además, se considera la mediana como una medida de tendencia central, debido a que la variable en cuestión se evalúa un nivel ordinal. Los resultados obtenidos en el estudio sugieren que los estudiantes exhiben una mayor inclinación hacia las competencias actitudinales en comparación con las competencias cognitivas y procedimentales. En conclusión, se confirma una desconexión significativa entre la motivación e interés, por un lado, y el rendimiento cognitivo y procedimental, por otro. Esta desconexión constituye una brecha entre la disposición a aprender y la capacidad para aplicar el conocimiento de manera autónoma y crítica. Finalmente, resulta esencial abordar la enseñanza de las ciencias de manera integrada.